银杏树的主要病害有银杏树叶枯病和干腐病，均为性病害。叶枯病可在生长前期用25% 的多菌灵500倍液或70%的甲基托布津600倍液喷布2～3次，并及时落叶烧毁。

干腐病的防治可参照苹果。主要虫害有天牛、蓑蛾、蓟马和卷叶蛾。蓟马为害银杏树幼嫩叶片，可在生长前期喷2.5%的敌杀死乳油00倍液或%的速灭杀丁（杀灭菊酯）乳油3000倍液，也可用40%的乐果或氧化乐果乳油1000～1500倍液进行防治。